空间转录组

空间转录组

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空间转录组学是一种前沿的生物技术,它能够在组织切片上直接解析RNA表达情况,并将基因表达信息与细胞的空间位置相对应。这项技术不仅提供了高分辨率的转录组数据,还保留了细胞在组织中的空间位置信息,为理解细胞间的相互作用、组织的结构和功能以及疾病的病理机制提供了全新的视角。

空间转录组学的原理主要基于两种策略:一种是将带有空间信息的短序列(空间barcode)与RNA序列结合,通过测序来确定基因表达的空间位置;另一种是利用原位扩增和原位测序/原位杂交技术,直接在组织切片上检测基因表达。例如,10x Genomics的Visium平台通过将带有oligo-dT的探针固定在芯片上,捕获组织切片中的mRNA,每个探针都带有特异的地址序列,从而实现基因表达信息与空间位置的关联。而华大智造的Stereo-seq技术则利用纳米级分辨率的DNA纳米球(DNB)阵列,通过测序获得基因表达的空间位置信息,能够将空间分辨率提高到亚细胞层级,实现单个细胞及分子信息的空间定位和检测。

空间转录组学技术的出现,为生命科学和医学研究带来了新的突破,它在肿瘤学、发育生物学、神经科学等多个领域展现出巨大的应用潜力。例如,在肿瘤学中,空间转录组学可以分析肿瘤微环境中的细胞异质性和空间分布,有助于理解肿瘤的侵袭、转移和耐药机制。

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