宏基因组测序技术是基于二代测序（NGS）或三代测序（TGS）平台，快速获取临床样本中所有的核酸序列，并通过与已知菌株的核酸或蛋白数据库比对，从而获得样本所含微生物群落构成、致病基因和耐药基因等信息的技术。按照所依据的测序平台又可以分为mNGS 和mTGS两种不同的技术路线，其中mNGS成本低、通量高，而TGS则速度快。
与传统微生物检测相比，宏基因组测序直接对从样本中提取全部微生物的核酸进行测序，无先验假设、无需分离培养，具有无偏倚、检测范围广、敏感度高等优势。在应用mNGS或者mTGS技术对临床样本里的微生物信息进行解析之后，临床医师根据所出具的报告，结合其他诊断手段，确定病原体，为治疗提供精确指导，改善患者预后，降低治疗费用。
