细菌基因组测序是指基于以高通量为特征的二代测序（NGS）或以单分子为特征的三代测序（TGS）技术，获得细菌的全基因组序列后，利用生物信息学分析技术进行序列的基因预测及功能注释，可为研究细菌特有的生物学特征（如：致病机理、耐药机制、与宿主的相互作用、共生机制及代谢途径等）提供分子生物学基础；结合比较基因组分析，可为研究细菌间的性状变异、功能差异及遗传进化关系提供理论指导。细菌全基因组测序已经成为细菌基因组研究不可或缺的重要工具。

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